上一话讲道，深海怪兽古比拉摧毁了太平洋海底基地，最后，在太平洋海岸上被雷克斯奥特曼击败，但这只是开始，可怕的事即将发生了。
这天早上，天气预报显示今天阳光明媚，但是，太平洋却突然发生了海啸，淹没了太平洋沿海的城市，这时，玛娜队员的投影传到了主控室。
“北野队长，太平洋突然发生海啸，将沿海的城市都淹没了，但今天天气预报显示是阳光明媚的好天气。”玛娜报告说。
“是有点奇怪。”北野队长说。
“北野队长，要不我去现场调查一下。”天空队员请求道。
于是，天空队员和香奈子队员驾驶“战鹰”号战斗机出发了，赶赴了现场，来到了太平洋上空调查，并按下生命探测按钮，发现太平洋海底有异常的生命迹象，于是，天空队员和香奈子队员驾驶“战鹰”号战斗机返回了怪兽特殊防卫队，天空队员和香奈子队员走进了怪兽特殊防卫队的主控室。
“北野队长，我们调查了，发现太平洋海底有异常的生命迹象反应。”天空队员报告说。
这时，骂那队员的投影传到了主控室。
“我刚才也检查了一下，雷达显示海底有生命体在迅速移动。“玛娜队员报告说。
刚说完，太平洋再次发生海啸，从海底浮上来一头怪兽，这时，怪兽特殊防卫队的警报响了起来。
“北野队长，太平洋再次发生海啸，从海底浮上来一头怪兽，现在传送现场画面。“玛娜队员报告说。
“玛娜队员，有没有这头怪兽的资料？“北野队长问道。
“有，这头怪兽在所有防卫队档案都没有出现过的记录，是新形态的怪兽，注册代号是深海怪兽哥斯拉，是传说中的个海底怪兽，身高60米，体重65000吨。”玛娜队员报告说。
这时，上野副队长的投影也传到了主控室。
“说一下作战计划，这次作战的怪兽非常凶暴，大家一定要注意安全，作战部门配合作战。”上野副队长命令道。
“作战计划听清楚了吗，怪兽形态a型，执行死亡一号命令，tio出动！”北野队长命令道。
“明白！”全体队员回答道。
于是，天空队员和佐和子队员驾驶“战鹰”号战斗机，青川队员和香奈子队员驾驶“猛虎”号战斗机和各战斗机梯队出发了，赶赴了现场。
“北野队长，目标确认，请求攻击！”天空队员请求道。
“开始攻击！”北野队长命令道。
“明白！”天空队员回答道。
于是，天空队员和佐和子队员驾驶“战鹰”号战斗机。青川队员和香奈子队员驾驶“猛虎”号战斗机用镭射光束，各战斗机梯队用导弹向深海怪兽哥斯拉发动了攻击，深海怪兽哥斯拉受到了攻击后，从口中pēn_shè出光线，一下击中了“战鹰”号战斗机。
“啊，可恶，跳伞！”天空队员叫道。
这时，战斗机机舱打开了，座位把天空队员和佐和子队员弹到了天上，并打开了背包后面的降落伞，天空和佐和子跳伞成功并安全着陆，天空队员和佐和子队员掏出大型镭射光枪用镭射光束在地面上，青川队员和香奈子队员驾驶“猛虎”号战斗机用镭射光束和各战斗机梯队用导弹在天上向深海怪兽哥斯拉发动了攻击，但是伤不了深海怪兽哥斯拉，这时，从天而降一到光球，出现了奥特之父。
“啊，是奥特之父。”香奈子报告说。
奥特之父冲向了深海怪兽哥斯拉，一拳打中了深海怪兽哥斯拉，深海怪兽哥斯拉用尾巴攻了过来，奥特之父，用双手一下拽住了深海怪兽哥斯拉的尾巴，但是，深海怪兽哥斯拉一使劲，一下将奥特之父甩了出去，摔在了地上，奥特之父站了起来，继续冲向了深海怪兽哥斯拉，用双手一下抓住了深海怪兽哥斯拉，深海怪兽哥斯拉一下挣脱了，用右手一下将奥特之父打到一边去了，从口中一下释放出光束，一下击飞了奥特之父，奥特之父摔在了地上，奥特之父胸前的彩色计时器开始闪烁了。
“佐和子，你一个人要小心，我去帮奥特之父。”天空队员说。
“好吧，你要小心那。”佐和子关心地说。
“雷克斯奥特曼，我们融合吧。”天空队员说。
“好吧，天空队员，我们上！”雷克斯奥特曼说。
天空队员左手拿出奥特读卡器，天空队员面前出现了奥特卡片，右手拿住奥特卡片，插进奥特读卡器里面，奥特读卡器发出五彩光芒。
“雷克斯！”天空队员喊道。
这时，出现了一道五彩光芒，把天空队员与雷克斯奥特曼融合为一体，双手握拳，交叉在胸前，旋转着上升，五彩光芒消失后，天空队员与雷克斯奥特曼融合完成，一脚踹倒了深海怪兽哥斯拉。
“天空队员，加油呀，要小心那！”香奈子关心地说。
雷克斯奥特曼和奥特之父冲向了深海怪兽哥斯拉，用双手一下抓住了深海怪兽哥斯拉，深海怪兽哥斯拉一下挣脱了，用手一下将雷克斯奥特曼和奥特之父打到一边去了，雷克斯奥特曼使用了雷克斯雷电，双手举向天，从双手上释放出闪电，释放到天上，在射到敌人位置，一下击中了深海怪兽哥斯拉，又使用了雷电麒麟冲击，把能量集中在全身，从全身发出龙形雷电冲击，一下击中了深海怪兽哥斯拉，雷克斯奥特曼使出了必杀技雷克斯光线，双手先举向天，再右手向右伸展，